P. flavimarginatus có phạm vi phân bố rộng rãi ở khu vực Ấn Độ Dương - Thái Bình Dương, từ Biển Đỏ và vùng duyên hải Đông Phi (đến Natal ở Nam Phi) trải dài về phía đông, băng qua Indonesia đến quần đảo Tuamotu; phía bắc đến miền nam Nhật Bản; phía nam đến tây bắc bang Tây Úc và từ rạn san hô Great Barrier đến bờ biển trung tâm bang New South Wales. P. flavimarginatus thường sống xung quanh các rạn san hô và đá ngầm, khu vực cửa sông hoặc những nơi đáy bùn, ở độ sâu 2 – 50 m[1].